各国猴痘病毒基因测序结果汇总:大规模社区传播需引起警觉

2023-12-10

截至目前,葡萄牙、比利时、美国、荷兰、意大利、西班牙、法国等多国的研究团队发布猴痘病毒基因测序报告,根据测序报告和进化树对比,表明猴痘可能已经在欧洲发生了大规模的社区传播。各国猴痘基因组测序情况汇总如下图:

报告时间国家测序平台测序方法平均测序深度结果
5月19日葡萄牙Oxford NanoporeMinIONNQ法宏基因组测序7倍基因进化树分析草案显示,分离出来的病毒与2018年和2019年从尼日利亚传播到英国、以色列和新加坡的病毒有密切关系
5月23日葡萄牙Illumina高通量NQ法宏基因组测序法201倍(平均)这次多国猴痘暴发很可能只有一个源头,迄今为止公布的所有BD基因序列都紧紧聚集在一个分支上(美国公布的病毒基因组序列(MPXV_USA_2022_MA001)相比较)
5月19日德国Illumina该菌株分类为西非分支,与最近来自欧洲和美国的菌株相关
5月20日比利时Oxford NanoporeMinION非靶向宏基因组18.9倍比利时猴痘病毒基因组(ITM_MPX_1)也属于猴痘病毒的西非分支,与最近上传的葡萄牙疫情基因组关系最为密切
5月20日美国Oxford NanoporeMinION仅仅公布猴痘患者所携带病毒的基因测序结果
5月26日荷兰Oxford NanoporeMinION10倍病毒在进化树上与此前葡萄牙团队公布的基因组样本极为相似,与关系最为密切的一份葡萄牙样本相比,只出现了2个单核苷酸多样性位点(SNP s)
5月27日意大利Illumina19倍获得的基因组属于MPXV的西非分支,与最近从葡萄牙疫情上传的基因组关系最为密切,这进一步证明了欧洲的大规模社区传播
5月27日西班牙Illumina77倍该病毒基因组同属猴痘病毒西非进化支,与关系最密切的葡萄牙一支序列相比,单核苷酸多样性位点(SNPs)小于4个,与德国序列相比,单核苷酸多样性位点(SNPs)为2个
5月28日法国Illumina宏基因组下一代测序950倍相较于2018年在英国发现的猴痘病毒基因,这四份病毒基因样本出现了46个单核苷酸多态性位点((SNPs)和3个缺失
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