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各国猴痘病毒基因测序结果汇总：大规模社区传播需引起警觉

2023-12-10

截至目前，葡萄牙、比利时、美国、荷兰、意大利、西班牙、法国等多国的研究团队发布猴痘病毒基因测序报告，根据测序报告和进化树对比，表明猴痘可能已经在欧洲发生了大规模的社区传播。各国猴痘基因组测序情况汇总如下图：

报告时间	国家	测序平台	测序方法	平均测序深度	结果
5月19日	葡萄牙	Oxford NanoporeMinION	NQ法宏基因组测序	7倍	基因进化树分析草案显示，分离出来的病毒与2018年和2019年从尼日利亚传播到英国、以色列和新加坡的病毒有密切关系
5月23日	葡萄牙	Illumina	高通量NQ法宏基因组测序法	201倍(平均)	这次多国猴痘暴发很可能只有一个源头，迄今为止公布的所有BD基因序列都紧紧聚集在一个分支上(美国公布的病毒基因组序列(MPXV_USA_2022_MA001)相比较)
5月19日	德国	Illumina			该菌株分类为西非分支，与最近来自欧洲和美国的菌株相关
5月20日	比利时	Oxford NanoporeMinION	非靶向宏基因组	18.9倍	比利时猴痘病毒基因组（ITM_MPX_1）也属于猴痘病毒的西非分支，与最近上传的葡萄牙疫情基因组关系最为密切
5月20日	美国	Oxford NanoporeMinION			仅仅公布猴痘患者所携带病毒的基因测序结果
5月26日	荷兰	Oxford NanoporeMinION		10倍	病毒在进化树上与此前葡萄牙团队公布的基因组样本极为相似，与关系最为密切的一份葡萄牙样本相比，只出现了2个单核苷酸多样性位点(SNP s)
5月27日	意大利	Illumina		19倍	获得的基因组属于MPXV的西非分支，与最近从葡萄牙疫情上传的基因组关系最为密切，这进一步证明了欧洲的大规模社区传播
5月27日	西班牙	Illumina		77倍	该病毒基因组同属猴痘病毒西非进化支，与关系最密切的葡萄牙一支序列相比，单核苷酸多样性位点(SNPs)小于4个，与德国序列相比，单核苷酸多样性位点(SNPs)为2个
5月28日	法国	Illumina	宏基因组下一代测序	950倍	相较于2018年在英国发现的猴痘病毒基因，这四份病毒基因样本出现了46个单核苷酸多态性位点((SNPs)和3个缺失

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