重组蛋白的迅速开展有着必然性，但要持续开展，有几个问题必须解决或优化，包括生产载体与产量、基因工程改造和翻译后修饰以及用药途径。1、生产载体与产量生产力不足是重组蛋白研发的瓶颈。以HIV蛋白微球〔microbicides〕为例，虽然能防止HIV传播，但至今未进入临床研究，原因也是生产量不够。还有很多药物不仅发展中国家用不上，即便是发达国家也难以使用，主要是生产能力缺乏，而且价格昂贵。哺乳动物细胞和大肠杆菌〔E.coli〕是上市重组药物最主要的生产载体。E.coli用于表达不需要翻译后修饰的重组药物，如胰岛素、生长激素、β干扰素和白细胞介素等。CHO细胞是最为常用的生产载体之一，其糖基化最近似人的糖基化结构，但糖基化产物是不均一的混合物。BHK细胞是第二常用的，另外，NSO、HEK-293和人视网膜细胞表达的蛋白也获得过批准。目前，哺乳动物细胞的产量亟待提高。另一个正在取得突破的是植物表达体系〔molecularfarming〕，植物糖基化免疫原性低，不易诱发过敏，但有可能改变一些糖蛋白的功能。

2、重组药物的基因工程改造和翻译后修饰高度纯化的重组蛋白与人内源蛋白相同或高度相似，能防止出现免疫反响。但有30%左右重组药物是经过基因工程改变或经过其他手段进行翻译后修饰的，也有文献指出现有上市重组蛋白药物种基因改造率达38%。改变蛋白的结构的目的是为了优化其药代动力学，但又不能弱化其生物功能及产生新的抗原性。3、用药途径的变革绝大多数重组药物是注射给药或静脉途径，仅有2个是喷雾剂。有些疾病如糖尿病、肾衰性贫血等都需要长期使用药物，注射或静脉途径的方式非常不便利，从而人们在给药途径上进行了大量的尝试。