如何确认RNA的质量?

2023-12-10

样本种类繁多且复杂,有些样本,要想提取到质量良好的RNA是非常困难的,那么该如何确认RNA的质量呢?让我们一起来看看吧!

确认RNA的质量有以下两种常见方法

1)检测RNA溶液的吸光度

280、320、230、260nm下的吸光度分别代表了核酸、背景(溶液浑浊度)、盐浓度和蛋白等有机物的值。一般的,我们只看OD260/OD280(Ratio,R)。

1.82.0时,我们认为RNA中蛋白或者时其他有机物的污染是可以容忍的,不过要注意,当你用Tris作为缓冲液检测吸光度时,R值可能会大于2(一般应该是<2.2的)。当R<1.8时,溶液中蛋白或者时其他有机物的污染比较明显,你可以根据自己的需要决定这份RNA的命运。当R>2.2时,说明RNA已经水解成单核酸了。

2)RNA的电泳图谱

一般来说,RNA的电泳都是用变性胶进行的,但是根据经验,如果你仅仅是为了检测RNA的质量是没有必要进行如此麻烦的实验的,用普通的琼脂糖胶就可以了。

电泳的目的是在于检测28S和18S条带的完整性和他们的比值,或者是mRNA smear的完整性。一般来说,如果28S和18S条带明亮、清晰、条带锐利(指条带的边缘清晰),并且28S的亮度在18S条带的两倍以上,我们认为RNA的质量是好的。

以上是我们常用的两种方法,但是这两种方法都无法明确的告诉我们RNA溶液中有没有残留的RNA酶。如果溶液中有非常微量的RNA酶,用以上方法我们很难察觉,但是大部分后续的酶学反应都是在37度以上并且是长时间进行的。这样,如果RNA溶液中有非常微量的RNA酶,那么在后续的实验中就会受到残留的RNA酶的干扰,从而导致实验失败

下面,我们介绍一个可以确认RNA溶液中有没有残留的RNA酶的方法。

3)保温试验

按照样品浓度,从RNA溶液中吸取两份1000 ng的RNA加入至0.5 ml的离心管中,并且用pH7.0的Tris缓冲液补充到10 ul的总体积,然后密闭管盖。把其中一份放入70℃的恒温水浴中,保温1 h。另一份放置在-20℃冰箱中保存1 h。

1h后取出两份样本进行电泳。电泳完成后,比较两者的电泳条带。如果两者的条带一致或者无明显差别(当然,它们的条带也要符合方法2中的条件),则说明RNA溶液中没有残留的RNA酶污染,RNA的质量很好。相反,如果70℃保温的样本有明显的降解,则说明RNA溶液中有RNA酶污染。

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